In der Praxis sind die für die thermische Entkeimung notwendigen Geräte mobil und können problemlos an die jeweilige Werkzeugmaschine herangefahren werden. Der KSS wird von dem Entkeimungs-Gerät aus dem Tank der Werkzeugmaschine angesaugt, entkeimt, und anschließend wieder in den Tank der Werkzeugmaschine eingespeist. Bei einer Entkeimungs-Kapazität von 5-6 Litern pro Minute kann ein Tank mit z.B. 500 Litern in weniger als zwei Stunden einmal entkeimt werden. Auch eine Einbindung in eine Zentral-Anlage ist möglich.
Idealerweise sollte der entkeimte KSS in einen keimfreien Behälter umgefüllt werden, und die Werkzeugmaschine grundgereinigt und entkeimt werden, bevor der KSS wieder in die Maschine eingetragen wird. Das ist aber kaum praktikabel. Vielmehr wird der entkeimte KSS in der Praxis direkt wieder in das Bad eingeführt und dort mit dem nicht entkeimten KSS vermengt. Somit verbleiben Restbestände an nicht entkeimtem KSS im Tank der Werkzeugmaschine, insbesondere der Biofilm am Boden und an den Wänden der Werkzeugmaschine. Dies ist aber bei allen anderen Methoden, selbst bei Bioziden, nicht anders, man steht sich hier also nicht schlechter.
In der Praxis empfiehlt es sich, den KSS drei Mal direkt hintereinander zu entkeimen, und ihn nach Möglichkeit etwas aufzumischen, so dass möglichst viel von den keimbelasteten Restbeständen in den Ecken, Leitungen und am Boden aufgewirbelt und entkeimt wird. So wird es je nach konkreter Anwendung Wochen, manchmal Monate dauern, bis der KSS wieder so stark belastet ist, dass eine neue Entkeimung notwendig wird. Dennoch sollte die thermische Entkeimung unbedingt regelmäßig, z.B. einmal im Monat, wiederholt werden, um eine zu starke Keimbildung von vorneherein zu unterbinden. Da dies im Bypass erfolgen kann und soll, wird der laufende Betrieb dadurch nicht beeinträchtigt.
Dies kann mit der folgenden schematischen Darstellung visualisiert werden.